С 1980 - заведующий кафедрой медицинской биофизики Московского физико-технического института.
С 1984 - продолжал работать заведующим отделом Института химической физики АН СССР до образования Центра теоретических проблем физикоГонения на Институт и самого Льва Арамовича Пирузяна начались с начала 80-химической фармакологии РАНх годов ХХ столетия. В 1984 ггоду основатель и директор Всесоюзного научно-исследовательского института по биологическим испытаниям химических соединений (ВНИИ по БИХС) Л.А. НИИпоБИХС был разогнан за многочисленные нарушения в финансово-хозяйственной деятельности; Пирузян по решению властных структур был уволен с поста директора , а созданный им институт уничтожен. Страна лишилась новаторского института- основы новейшей фармакологии.
С 1998 - заведующий отделом теоретических проблем физиологической химии в Институте химической физики имени Н.Н. Семёнова РАН. Директор Центра теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН.