Храм был построен на средства известной нахичеванской благотворительницы [[Аладжалова Акюлине Погосовна |Акюлине Погосовны Аладжаловой]]. На ее средства были также построены приют для нищих на армянском кладбище, богодельня. Здесь же, под юго-западной стеной церкви покоится сама госпожа Аладжалова. На мраморном памятнике в форме национального клобука с украшениями золотая надпись: {{Цитата|"Здесь покоится прах благородной госпожи Акюлине Погосовны Аладжалян, урожденной Хатраян, скончавшейся 3 сентября 1871г. в возрасте 62 лет".}}

18 января 1875 г.в Нахичеванскую Городскую Управу душеприказчики Иван Хатранов, Христофор Титров и Николай Аджемов по завещанию покойной дворянки Акюлине Аладжаловой направили прошение следующего содержания: {{Цитата|Покойная дворянка Аладжалова в духовном завещании своем, утвержденном Таганрогским окружным судом 26 ноября 1871 г., между прочим, сделала следующее распоряжение: из сосредоточенного в банке капитала моего с наросшими процентами три части я определяю: а) на сооружение при армянском соборном кладбище каменной церкви во имя св.Иоанна Крестителя и при ней деревянного посетительского дома и при этих зданиях колодца, б) на постройку здесь же, при кладбище, нескольких деревянных домиков для жительства… армянских семейств}}. Далее в прошении отмечалось, что, так как кладбище и по сей день не имеет церкви, душеприказчики обращаются в городскую управу с просьбой разрешить этот вопрос.  Решив его положительно, городской голова 29 января 1875 г. обращается к Католикосу Геворгу V и в Губернское правление за разрешением на сооружение означенной церкви.